Desktop Tower Defense se joacă pe o hartă care seamănă cu un desktop de birou. Jucătorul trebuie să oprească un număr prestabilit de inamici, cunoscuți în gen ca "creeps", să ajungă la un punct prestabilit pe terenul de joc. Acest lucru se realizează prin construirea și îmbunătățirea turnurilor care trag în, avariază și ucid inamicii "creeps" înainte ca aceștia să poată ajunge la obiectivul lor. Spre deosebire de multe alte jocuri tower defense, calea inamicilor "creeps" înșiși nu este prestabilită; în schimb, turnurile construite determină calea inamicilor "creeps", care aleg cel mai scurt drum pe care îl pot găsi către ieșire. Jocul nu permite jucătorului să facă o ieșire complet inaccesibilă, dar strategiile cheie se învârt în jurul ghidării inamicilor "creeps" în coridoare lungi și șerpuitoare.